Όμως πριν τη λήξη του σχολικού έτους η Νέα Αλικαρνασσός έγινε ανεξάρτητος δήμος και έτσι το Γυμνάσιο μεταφέρθηκε και φιλοξενήθηκε για μικρό χρονικό διάστημα στο 4ο Γυμνάσιο Ηρακλείου στην περιοχή της Θερίσσου και στο 9ο Γυμνάσιο Ηρακλείου στην περιοχή των Δειλινών.

Από το 1986 λειτουργεί στο κτηριακό συγκρότημα «Τάλως», δίπλα στη θάλασσα στην περιοχή του «Καράβολα».

Το 11ο Γυμνάσιο Ηρακλείου διαθέτει 15 αίθουσες διδασκαλίας, 2 εργαστήρια πληροφορικής, εργαστήριο φυσικοχημείας, κλειστό γυμναστήριο, αίθουσα προβολών, βιβλιοθήκη, κυλικείο και αίθουσα πολλαπλών χρήσεων όπου πραγματοποιούνται οι παραστάσεις και οι εορταστικές εκδηλώσεις μας.

Τη  σχολική χρονιά 2017-2018 το σχολείο μας λειτουργεί με 194 μαθητές, χωρισμένους σε 9 τμήματα και με 21 καθηγητές όλων των ειδικοτήτων καθώς και γραμματέα, 1 φύλακες και 1 καθαρίστρια. Τη θέση του Διευθυντή κατέχει η κ. Κοκοτσάκη Αντωνία (ΠΕ 05, Γαλλικής Φιλολογίας),  και της Υποδιευθύντριας η κ. Αθανασάκη Μαρία (ΠΕ 80, Οικιακής Οικονομίας).

Καθ΄ όλη τη διάρκεια της λειτουργίας του σχολείου μας φοίτησαν 6015 μαθητές. Στη Διεύθυνση του σχολείου υπηρέτησαν ακόμα όλα αυτά τα χρόνια οι εκπαιδευτικοί κ. Ασκοξυλάκη Ελένη (ΠΕ 04 Φυσικός), ο κ. Δραμητινός Αλέξανδρος (ΠΕ11, Φυσικής Αγωγής)  ο κ. Τζανακάκης Δαυίδ (ΠΕ11, Φυσικής Αγωγής), ο κ. Γεώργιος Λαμπράκης (ΠΕ 04 Φυσιογνώστης ), η κ. Χρονάκη Φιλαρέτη (ΠΕ02, Φιλόλογος), ο κ. Ρουσσάκης Εμμανουήλ (ΠΕ01, Θεολόγος), ο κ. Πατσάκης Ιωάννης (ΠΕ04, Φυσικός), η κ.Κοκοτσάκη Αντωνία (ΠΕ05,Γαλλικών)και η κ. Αθανασάκη Μαρία  (ΠΕ80,Οικιακής Οικονομίας).